دوره آموزش مجازی داکینگ مولکولی

موضوعات:
آشنایی با بیوانفورماتیک مقدماتی و لینوکس
آشنایی با بانک اطلاعاتی ساختاری پروتئین ها (Protein Data Bank)
معرفی فرمت ذخیره سازی اطلاعات ساختار مولکولها
نرم افزارهای نمایش ساختار مولکولی
آشنایی با مبانی سیستم عامل لینوکس و فرامین ترمینال
نحوه اتصال به سرور از طریق اینترنت ( نرم افزارهای putty و winscp)
داکینگ مولکولی - پروتئین و لیگاند
معرفی داکینگ
(Rigid Docking)
کار با نرم افزار Autodock و نرم افزار MGLTools
آماده سازی اولیه فایلهای ورودی
اجرای Autogrid و Autodock
آنالیز نتایج
(Flexible Docking)+ آنالیز
معرفی نرم افزار Ligplot
داکینگ مولکولی - غربالگری مجازی
دیتابیس مولکولهای دارویی
کار با نرم افزار Autodock Vina جهت Virtual Screening
توضیحات تکمیلی:
داکینگ روشی است که جهت گیری ترجیحی (Preferred orientation) یک مولکول نسبت به دیگری را زمانی که به یکدیگر متصل می شوند تا کمپلکسی پایدار را شکل دهند، پیشگویی می کند یا به عبارتی روش کلیدی در پیش­ بینی ساختار کمپلکس رسپتور-لیگاند در فرایند کشف داروها و ترکیبات پیشرو جدید، داکینگ مولکولی نامیده می­ شود. این تکنیک برای اولین بار اواخر سال ۱98۰ مورد استفاده قرار گرفت و امروزه به طور گسترده به عنوان ابزار جستجوی مجازی در مراحل اولیه فرایند توسعه دارو به کار برده می­ شود. علاوه بر این، روش داکینگ مولکولی روشی ارزشمند برای شناخت بهتر برهم ­کنش ­های رسپتور-لیگاند است. با پیشرفت علوم و تکنولوژى, استفاده از علوم بین رشته اى مانند بیوانفورماتیک رشد روز افزونى داشته است و این امر به علت امکان صرفه جویى در وقت و هزینه مى باشد. همچنین استفاده از تکنیک هاى بیوانفورماتیک , تحقیقات و مطالعاتى را که عملا از نظر آزمایشگاهى انجام آن امکان پذیر نیست را میسر مى سازد .